一般以日本钦明天皇13年（552）百济的圣明王进献佛像、经论、幡盖和上表马信佛法，为佛教传日之始。一说是继体天皇16年（522），南梁司马达等来到大和，建立草堂，安置佛像礼拜，为日本知有佛教之始。不过，当时世人不知佛像为何物，视为异域之神未加崇奉。百济的佛像传入日本以后，在朝廷贵族之间，引起激烈的急诊天皇乃依请求将佛像交给大臣苏我宿祢稻目试行礼拜。稻目舍出向原的住宅安置佛像。后疫病流行，屡有死亡，大臣物部舆认为是国神的谴责，奏将佛像投于难波（今大阪）的堀江，并烧毁供佛的殿堂。苏我氏和物部氏之间的信仰之争，实际上反映了皇室和苏我氏为代表的主张接受大陆政治制度和宗教文化，与以物部氏和大伴氏为代表的贵州反对接受大陆政治文化的政治之争。

圣德太子与佛教 佛教在日本流传后40年，为日本飞鸟时代的开始。圣德太子摄政，下诏传播佛教，贵州大臣竞造佛寺，从此佛教广传于日本。推古3年（594），高丽僧慧慈、百济僧慧聪来到日本，说法于法兴寺。圣德太子奉慧慈为师，学习佛教。12年，圣德太子制定宪法17条，其第2条就是“笃敬三宝”。由于圣德太子的弘扬，日本佛教很快得到流传，据推古3年统计，时有寺46所，僧816人，尼569人。

大化改新　圣德太子死后25年，日本发生了“大化改新”，即模仿中国唐代文物制度，进行政治、文化、经济等方面的改革，建立了中央集权制度，完成了国家的统一。由于促进这个革新运动的中心人物，如被任命为国博士的高向玄理、僧旻等，都是入唐留学僧，故使佛教进入一个新时期。大化元年（645）大量济大寺召集僧尼，颁布了兴隆佛教的诏书，首次任命十师，并设置法头检查全国各寺僧尼，对于僧尼脱籍的寺院，都施给土地，天皇还资助建造寺院。

奈良时代（710～784）　圣武天皇治世的天平年间，奈良佛教极盛，有五大寺。天平13年（741），又敕建东大寺，并于诸国建国分寺，以东大寺为总国分寺，统辖国分寺。　----东大寺是圣武天皇发愿，良辨僧都尊基，行基菩萨劝化，天竺婆罗门僧菩提仙那导师完成的。他们被称为东大寺的四圣。所铸毗卢舍那佛，称为奈良大佛，是日本最大的佛像。中国唐代鉴真受请赴日传戒，天平宝字3年（759）于奈良建立唐招提寺。天平宝字8年，又于奈良之西建立西大寺，与东大寺相对。于是有了奔流奶七大寺。

南都六宗　在飞鸟时代至奈良时代之间，直接和间接从中国传入了六个佛教宗派或学派：即三论宗、法相宗、俱舍学派、成实学派、华严宗和律宗，称奈良六宗。后迁都平安（今京都），又被称为南都六宗。

三论宗以高丽僧慧灌为初祖。慧灌曾入唐从嘉祥吉藏学三论，推古天皇33年（624）赴日，把三论传入日本。慧灌门下，人材颇我，福亮为其高足。其弟子智藏入唐后回国进行讲学，为三论宗第二传。智藏弟子道慈亦入唐，广学经典，回国后传三论为学，为三论宗的第三传。成实学派在中国曾盛极一时，出了不少学者，但传到日本却未独立成宗，被称为三论宗的附宗。

法相宗是道昭传入日本的。道昭在白雉4年（653）随遣唐使入唐，受教于玄奘，与窥基同学，在唐7年，回国后住奈良元兴寺，并巡历各地，大弘法相唯识。文武天皇4年（700）寂于元兴寺禅院，遗言火葬，为日本实行火葬之始。道昭之后，智通、智达亦入唐，从玄奘，窥基师徒学法相宗。不久，智凤、智鸾、智雄等，亦依敕入唐，从智周学唯识教义。以上三传，第一、二传合称为南寺传或元兴寺传，第三会称为北寺传或兴福寺传。时有行基者，曾受教于道昭学瑜伽和唯识；足迹遍及全国，广建寺院，架桥修路，周济贫民。天平17年（745），受任为大僧正，日本大僧正之官自此始。此外还有玄昉，也曾入唐学法相18年，带回大量藏经，被称为法相宗的第四传。俱舍宗附属于法相宗。

华严宗是因新罗僧审祥在日本开讲《华严经》而成立，故审祥被奉为华严宗初祖，以请他宣讲《华严经》的良辨僧正为第二祖。审祥初住大安寺，后任东大寺别当（住持），主持寺务和法务。其弟子相续，后受持此宗，并以东大寺为华严宗本山。审祥的老师是中国华严宗的第三祖法藏，所以他的法脉也间接传自中国。

律宗是奈良六宗中最后传入的宗派。开始有兴福寺的荣睿与大安寺的普照，鉴于日本戒律不兴，入唐求律，并敦请鉴真东渡。鉴真曾5次航行失败，经过12年苦心精进，始到达日本，而荣睿则于途中病故。鉴真到日本后，先在东大寺佛殿前建筑戒坛，为天皇、皇后和皇太子等授菩萨戒，一时受戒的达400余人，继于寺内建戒坛院，为随从比丘依受戒羯磨（作法）重受新戒。后在唐招提寺终其一生。生前由其弟子所塑的遗像，至今犹存，为日本的国宝。

此时期的日本佛教除从中国引进外，本身没有创新，但制度逐渐完备，从僧官的设置、僧位授与、僧侣的品行衣食住所，均有详细规定。佛教被作为镇劾家的要法，与政治关系密切，僧侣待遇优厚。寺院都建于城市，被称为“都市佛教”。但僧侣在朝廷的支持下，兼并土地，秽乱法门，出现了堕落的趋势。

平安时代（784～1192）　或称平安朝。这一时期，日本仍不断向唐朝派遣使节和留学生，学习进步的工艺、美术和宗教等，通过遣唐使传入中国进步的评论经。其时日本天台、真言二宗相继创立。唐贞元二十年（804），最澄、空海奉敕随遣唐使藤原葛野　到中国求法。回国后，最澄在比睿山创立日本天台宗，成为以密的创始人；空海在高野山创立日本真言宗，后被称为“平安二宗”。

最澄、空海之后，密教大盛，主要流行于贵族之间，继他们入唐学密的，东密除空海之外，有常晓、圆行、慧运、宗睿；台密除最澄之外，有圆仁、圆珍。这八人被称为“八唐八家”。

神佛习合与新宗派的产生 在平安时代，日本佛教中出现了两种倾向：一种是要使本国固有的神祗崇拜，与外来的崇拜佛、菩萨相融合，即所谓“神佛习合”思想。在佛寺的境内可以建神社，在神社的境内也可以建佛寺，神号与佛号一致这种思想一直到明治维新时期提出“神佛分离”之说后才线路束。另一种是对教理深奥流传于贵族中的天台宗与真言宗赞美有示不满。引起净土思想渐次普及，以至后来产生了净土宗、真宗、禅宗、日莲宗等许多宗派。

中国晚唐时期，禅宗极盛，然尚未正式传入日本。9世纪时，嵯峨帝皇后桔氏，笃信佛教，特别崇仰中国马祖道一法嗣盐官齐安的禅风，特派僧慧萼来华延请齐案。齐安推荐高足义空应请。义空率法弟道昉东渡，初住京都东寺。皇后时请入宫，询问禅要，后创建檀林寺，被请为开山，桔氏遂被称为檀林皇后。义空以当时日本天台、真言二宗正盛，不立文字的禅宗不易推行，居日数年，借故离日回国。其后慧萼再度入唐，于五台山请得观音圣像，唐大中十二年（858），回国至普陀山洋面时，船不能进，因而上陆建寺，借奉观音，普陀山遂为中国佛教四大道场之一。此后，日本到中国有名高僧有芿然、成寻、俊芿等。　然于太平兴国八年（983）入宋，为太宗召见，住太平兴国寺。后历访各地巨刹和当时名僧。雍熙四年（987）回国，赝回床版大世故经和旃檀释迦像（亦称旃檀瑞像）至今犹存于京都嵯峨清凉寺。成寻于熙宁五年（1072）入宋，过长江时，曾受到金山寺宝觉务周的斋请。后于太平兴国寺与日称、天吉祥等参加译经，赐号“善慧大师”。元丰四年（1081）示寂于开宝寺，敕葬天台山。著有《参天台五台山记》、《观心论注》等。俊芿于元丰元年入宋，历游两浙名刹就四明景福寺了弘学戒律、松江超果寺宗印学天台教义。南宋嘉定四年（1211）赍律部书327卷、天台章疏716卷、华严章疏175卷及其他杂书共2000余卷回国。后为京都泉诵寺开山，真言建示之祖。

这一时期的日本佛教，因受盛唐的影响，多在名山建立寺院，开创了日本的“山岳佛教”。与政治的联系也不如前代那样密切，可以说从政教合一转变为政教并立。佛教的任务是祈祷国家平安。以后的日本佛教派别，不再单纯是中国的佛教。最澄的天台宗已是台、密、禅、律的“四宗合一”、“圆密一致”。空海的《十住心论》对佛教本身来说是一种发展。

镰仓时代至安土桃山时代（1192～1603）　这一时期历经南北朝时代（1333～1392）、室町时代（1392～1573），直至安土桃山时代（1573～1603）为止，除前代各宗延续外，又建立了净土宗和禅宗，还产生了日本特有的净土真宗、时宗及日莲宗等派别。

净土系宗派的勃兴　净土思想早已传入日本，但净土宗却是源空依中国唐代善导的《观无量寿佛经疏》深信弥陀本愿理论而创立。源空应藤原兼实之请，撰《选择本愿念佛集》，标榜“偏依善导”，专修念佛，建立净土宗。他门下有圣淘镇西派、证空的西山派、隆宽的长乐寺派、觉明的九品寺派和幸西的一念义派，合称为净土五流。此外属于净土系的还有融通念佛宗和时宗，为经二次世界大战前十三宗中之二宗。

自净土宗分出的还有以亲鸾为宗祖的净土真宗，亦称“真宗”、“一向宗”。亲鸾撰《教行信证文类》6卷，作为创立净土真宗的根本圣典。真宗以净土三部经（《无量寿经》、《观无量寿经》、《阿弥陀经》）为依据，崇奉鳊的龙树、世亲以及中国的昙鸾、道绰、善导和日本的源信、源空七位高僧，自然数为三国七祖。亲鸾寂灭后，其觉信尼与亲鸾之孙如信和散在各地的弟子相谋，于就都东山大谷亲鸾墓旁建立佛阁，奉置亲鸾的曩像，为本愿寺的起源，本愿寺的住持，顺序血脉相传。到第11代以后，分为东、西两派加上兴正寺派、佛光寺派、锦织寺派、毫摄寺派、专照寺派、证诚寺派、诚照寺派等，即为现在真宗的10派。1948年北海道还成立有真宗北本愿寺派等。目前真宗系共计有22个教团。